在墨色的安排上，HP Designjet Z2100是青色(C)、品红色(M)、黄色(Y)、浅青色(LC)、浅品红色(LM)、浅灰色(LG)、相片黑色(PK)和磨砂黑(MK)，而HP Designjet Z3100则在此基础上增加了灰色(G)、红色(R)、绿色(G)、蓝色(B)以及增光墨水(E)。
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从墨水的对比上看，12色墨水的Z3100的墨水组合和佳能iPF5000和iPF9000相似，均是拥有3阶黑/灰色墨水，其中最黑的两种墨水相片黑和磨砂黑分别应用于光亮相片纸和磨砂面相纸两种介质。相比于EPSON的墨水体系，HP Z系列打印机的最大优势是可以同时使用相片黑和磨砂黑，对于介质的切换不需要更换黑色墨水。在使用EPSON的打印机时，每次切换光面相纸和粗面相纸的时候都要更换墨水，打印机都会清洗一次，耗费大量的墨水。对比之下，HP打印机的免清洗设计尤其让人注目。
Z3100的墨头系统分为6组：E和G、B和G、M和Y、LM和LC、PK和LG、MK和R。
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